Sesuai dengan instruksi dari pemerintah pusat tentang pemberlakuan kebijakan PPKM berskala Mikro dan berdasarkan edaran Instruksi Walikota Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2021 tentang Pemberlakukan Pembatasan Kegiatan Masyarakat Berbasis Mikro dan Pembentukan Posko Penanganan Corona Virus Disease 19 di tingkat Desa/Kelurahan, maka Kelurahan Ngupasan telah mendirikan posko PPKM Mikro di Kantor Kelurahan. Selain itu telah dibentuk pula struktur petugas Posko PPKM Mikro Kelurahan Ngupasan yang dipimpin langsung oleh Lurah Ngupasan serta anggota yang terdiri dari beberapa unsur seperti ; Babinsa, Babinkamtibmas, Puskesmas Gondomanan, LPMK, tokoh masyarakat dan karyawan Kel. Ngupasan. Posko PPKM Mikro tersebut nantinya akan berfungsi sebagai pencegahan, penanganan, pembinaan dan pendukung pelaksanaan penanganan Covid-19 di tingkat Kelurahan. Dalam pelaksanaan fungsi tersebut, Posko di tingkat Kelurahan akan berkoordinasi dengan Satgas Covid-19 tingkat Kota Yogyakarta, Propnsi, Tentara Nasional Insdonesia (TNI) dan Kepolisian Negara Republik Indonesia ( POLRI). Saat ini telah terbentuk lebih dari 50 % dari total 13 RW dan 50 RT di Kelurahan Ngupasan. Dengan adanya sinergitas antara pemerintah dengan semua pihak terkait diharapkan mampu menangani dan mengendalikan laju penyebaran Covid-19 di Kelurahan Ngupasan.